Het protocol voorziet een aantal flexibiliteitsmechanismen (ook wel Kyoto-mechanismen genoemd) die het de Partijen moeten toelaten hun reductiedoelstellingen op een economisch zo voordelig mogelijke wijze te realiseren: het geeft de Partijen immers het recht hun toegelaten quotum te overschrijden en dit tekort te compenseren door systemen die het uitwisselen van de toegekende emissierechten mogelijk maken:

• de emissiehandel: deze handel laat landen die hun uitstoot niet voldoende kunnen reduceren toe bijkomende uitstootrechten te verwerven van andere landen die een “overschot” hebben.
• de gezamenlijke uitvoering (‘Joint Implementation’ - JI): daarbij investeert een land in projecten voor emissievermindering in een ander industrieland, in ruil voor bijkomende emissiekredieten.
• het mechanisme voor schone ontwikkeling (Clean Development Mechanism - CDM): de investeringen in een project voor emissievermindering gebeuren ditmaal in een ontwikkelingsland en genereren eveneens bijkomende emissiekredieten voor het donorland.

Er zijn enkele belangrijke verschillen tussen deze 3 flexibiliteitsmechanismen:

• Op het vlak van de betrokken Partijen:
  • De emissiehandel en de Gezamenlijke uitvoering (JI) zijn twee mechanismen die uitwisselingen van emissierechten tussen industrielanden (Bijlage 1-landen) onderling regelen, waardoor de totale toegewezen hoeveelheid niet wijzigt.
  • Het Mechanisme voor schone ontwikkeling (CDM) daarentegen regelt een transfer van emissierechten van een ontwikkelingsland naar een industrieland, waarbij in dat ontwikkelingsland bijkomende emissierechten worden gecreëerd, en de totale toegewezen hoeveelheid wereldwijd toeneemt. Dit mechanisme zet ontwikkelingslanden dus aan tot emissiereducties zonder dat ze daar eigenlijk toe verplicht zijn.

• Op het vlak van de methode: De Gezamenlijke uitvoering (JI) en het Mechanisme voor schone ontwikkeling (CDM) zijn twee “projectgebonden” mechanismen. De emissiercehten die ze genereren zijn immers afkomstig van projecten die lokaal een reductie van de uitstoot van broeikasgassen teewrkstellen. De hierdoor vermeden uitstoot van broeikasgassen (in vergelijking met een vooraf vastgesteld referentieniveau) geeft recht op een aantal emissierechten die overgedragen kunnen worden aan een andere Partij.

Er zijn wel enkele voorwaarden verbonden aan het gebruik van deze flexibiliteitsmechanismen:

• de betrokken landen moeten het Protocol van Kyoto geratificeerd hebben
• ze moeten aan al hun rapporteringsverplichtingen voldaan hebben
• ze moeten over een nationaal register beschikken waarin alle transacties van emissierechten geregisteerd worden

Bovendien geldt het “supplementariteitsbeginsel”: de flexibiliteitsmechanismen mogen slechts gebruikt worden “ter aanvulling” van het eigen binnenlands beleid. Er is echter nooit een overeenstemming bereikt over de juiste verhoudingen tussen de “interne” reductiemaatregelen en de “externe” verhandeling van emissierechten.